＃22「ノーザン・クロス」
正式にフロンティアの第5代大統領として選出された三島は、失ったランカに代わる新たな歌い手として、シェリルに白羽の矢を立てる。
ルカの報告からシェリルの歌声がフォールド波を放っていると知り彼女を招集して、人々のために歌ってほしいと依頼する。
アルトに病気のことを知られ、怯えながらも歌うことをやめられないと悟ったシェリル。アルトはそんなシェリルにずっとそばにいると告げるのだった。
オマージュポイント 「裏切りもの」のランカの人気はがた落ちして、チャイナ服のランカ人形が道で踏まれています。これは初代のミンメイ人形のオマージュ
一方SMSオーナーのビルダーの命令で、SMSは解体され新統合軍に編入されることが決まった。
しかし三島が大統領暗殺していたことを知っていたクルーの多くは、三島の言いなりになるのを良しとはしなかった。
「われわれは現時刻をもって兵隊から海賊に鞍替えする」
船長は「独立」を宣言。海賊となってマクロスクオーターを奪ったSMSはそのままホールド安全圏へと離脱しようとする。
一方、シェリルは喪服をきて、人々のために「ノーザンクロス」を歌っていた。シェリルの歌が仲間通しの戦いのBGMとなる悲しき運命。
新統合軍に入ったアルトとルカは、脱走しようとするSMSをなんとか止めようとするが、バルキリー同士の戦いとなった。アルトとオズマの一騎打ちが行われる。
アルト
オズマ俺の大事な女たちを守るには、これがベストのやりかたなのさ
アルト女って？それが大人の言うことかよ！
オズマ悪いが俺は大人じゃなくて、、、男なんだよ！
二人の対決は引き分けに、旧SMSはそのままマクロスクオーターはフォールドに入る。
その頃、ランカはブレラとともについにバジュラの故郷の惑星にたどり着く。
ルカがオズマを隊長でなく「少佐」と呼ぶところも、最終回で回収される伏線なのよ。それにしてもノーザンクロスしびれる
OP「ライオン」
ED「ノーザンクロス」
＃23「トゥルー・ビギン」
バジュラから逃れたはずのフロンティアだが、環境船を失い、バジュラの攻撃などで酸素をはじめ物資はさらに困窮して、市民たちの未来は見えない。
フロンティアに残ったアルトとルカ、そしてクランは、新統合軍のパイロットとなり、リーダー的な存在に。
オマージュポイント バルキリー乗りのジンクス、搭乗中に女性の名前を出すと撃墜されるのは、初代マクロスの柿崎が作戦中に女性の名前を出して直後に撃墜されたことを意味する
私生活では、アルトとシェリルは同棲を始め、V型感染症で余命いくばくないと知りながら無邪気に振る舞うシェリルにアルトは癒しを感じて、二人とも一見幸せそうだ。
シェリルは「こういうの夢だったの」「わあおいしい。アルトのくせに生意気」とツンデレを炸裂。シャンパン（お酒じゃないらしい）で酔っ払ったり、甘えたり。
その頃、ランカはバジュラの本星に近づいていた。バジュラの防衛部隊がいる。
歌で「きっと届くと思う。これまでだってやれたんだから」。バジュラの攻撃を止めたい。戦わずに済むようにしたい。そんな願いを込めて歌ったランカに共鳴したかに見えたバジュラだが、突如攻撃態勢をとる。
ブレラは守りきれず、変貌したバジュラであるアイ君にランカは連れ去ってしまう。その刹那、ランカははっきりと思い出して、ブレラに呼びかける。「お兄ちゃん！」
２人をバジュラ本星に行かせたのも、全てグレースが仕掛けた罠だった。グレースは、ブレラにランカが妹であることを伝える。
ブレアから再び自我を奪ったグレイスは自らの計画の仕上げと移って行こうとしていた。
一方、アルトは三島とビルダーに呼び出される。
バジュラが腸内細菌のネットワークで情報伝達を行っていると教えられる。脳での思考をしないのなら所詮相容れない生物に過ぎないと説明を受ける。ランカは利用されてバジュラが人間を滅ぼそうとしていると説明される。
病院を見舞ったアルトは、屋上でクランと話す。アルトは「ランカがバジュラの道具にされるなら。あいつの歌がおれたちを滅ぼそうとするなら、俺は…ランカを殺す」と悲壮な決意をする。クランは涙を浮かべると、「それが、お前の愛か」と悲しそうにつぶやく。
その様子を影から見ていたのはシェリルだった。
「わかっていたことよ。でも今だけ。もう少しだけ」
フロンティアにもランカの歌声が感知されており、バジュラの本星が人間の居住可能だと推定されたことを知った三島は、フロンティアの全エネルギーをかけて、最後の３０光年の短距離フォールドを始める。
OP「ライオン」
ED「ノーザンクロス」
＃24「ラスト・フロンティア」
１１年前に、幼いランカが「アイモ」を歌ったためにバジュラを呼び寄せたことをランカは思い出す。「私のせいなんだ」。後悔するランカを「償う方法はある」とグレイスは洗脳する。
１１年ぶりに第１１７次調査船団の旗艦だったマクロスグローバルを訪れたオズマとキャサリンは、そこでグレイスたちの残した研究資料を手に入れる。団長はマオ・ノーム。シェリルの祖母だ。研究者のなかに、ランシェ・リーもいた。ランカの母で、V型ウイルス感染した状態でランカを産んでいた。
グレイスは銀河規模の並列思考ネットワークを構想し、そのネットワークの結束点となることで、ほかよりも優位に立ち上位存在となることで、銀河全体を支配しようとしていたのだ。そのためには全人類のインプラント化が必要だが、それはたやすくできるものではない。そこでバジュラを使って逆らう者には死を、受け入れるものには隷属、つまりインプラントを施そうと考えた。そのためにバジュラと唯一コミュニュケーションの手段を持つ人間ランカを操る必要があるのだ。
グレイスは、「ランシェ、ドクターマオ、もうすぐよ。おまえたちの血が互いを傷つけ、殺し合いを始める」と、ランカとシェリルの戦いを予言する。
バジュラ本星にフォールドしたフロンティアは、本星に降下するために、バジュラとの最後の戦いに臨む。
アルトは出撃前にシェリルに会いに来る。キスをする二人。
唇をはなしたあと、なにか言おうとするアルトを制して、「言わないで、今なにか言われたら、それがどんな言葉でも、きっと私は歌えなくなる。だからなにも言わないで。全部終わったら続きを聞くわ。だから、だからアルト、ランカちゃんを助けなさい」とシェリルはイヤリングの片方を外すとアルトの耳につけて「それができたら続きを聞いてあげる。必ず帰ってくるのよ、いいわね、アルト」。
そして「覚えておきなさい。こんないい女めったにいないんだからね」とウインクして送り出す。
アルトたち新統合軍を支援すべく、シェリルは「これでいい。もう思い残すことはないわ。あとは燃え尽きるだけ」とステージにむかって飛び降りると「私の歌を聞け！」と叫び、歌いだすのだ。
当初は、バジュラたちに効いたシェリルの歌だが、グレイスがとらえたランカを洗脳し、バジュラのリトルクイーンとして「愛・覚えていますか」（ミンメイの代表曲だ）を歌わせると、バジュラたちは連携を取り戻して形成は逆転。白い服を着たランカの無情の、しかし力のある歌の前にフロンティアは大ピンチにある。
シェリル「これがあの子の本当の力」
グレイスはバジュラクイーンを見つけ、取り込もうとはじめる。ランカを止めようとするアルトの前には「俺の妹から離れろ」とブレラが現れる。
ブレラはランカの実の兄だと明かし、「これが俺たち兄弟の使命だ。バジュラの守る星を侵略者から守る」、人間たちのほうが侵略者だと言われ、アルトは困惑する。
SMSのV25ではなく、新統合軍の旧型のVF171を操ることもあり、隙をつかれて被弾する。
アルトの機体は巨大なホログラムのランカの手の先で爆破し、宇宙のチリとなる。
「アルトー！」
シェリルの悲痛な叫びが銀河をこだまする。
OP「ライオン」
ED「ノーザンクロス」
＃25「アナタノオト」
フロンティアとバジュラの戦いは、アルト機が撃墜され、シェリルの歌がきかなくなったことで、新統合軍の劣勢が鮮明となってきた。
そこに援軍で現れたのが、SMSのマクロスクオーターだ。
アルトから通信が入る。アルトは生きていた。爆発の直前に脱出していたのだ。
そしてアルトは、ホログラムのランカは幻だと言い、ランカの本当の声、「助けて」を聞いたと言う。
SMSと新統合軍は、ホログラムを攻撃したところ、その後ろから現れたのは、バジュラに攻撃されて滅亡したはずのギャラクシーの戦闘母艦バトル・ギャラクシーだった。
アルトは、ランカに呼びかけて、ランカは正気を取り戻す。しかし、その間に、グレイスはすでにバジュラクイーンとの接続および支配下に置くことを完了していた。
バジュラの力を我が物とし、銀河に散らばる地球を始め、惑星や各船団にバジュラを差し向けるグレイス。
バジュラクイーンのフォールド波の直撃を受けシェリルは意識を失ってしまう。
いよいよダメかと思われたその瞬間、宇宙にランカの歌声が響き渡る。シェリルの意識の中にランカがあらわれると、シェイルの体内のVウイルスを駆逐して、アルトとともに空を飛ぼうと告げる。シェリルは、その声に応えて復活する。2人の歌はグレースに支配されていたバジュラを解放する。
オマージュポイント アルトがバルキリーで敬礼するシーンは劇場版マクロス愛おぼえていますかで一条輝がミンメイにするシーンのオマージュ
そして、人間を理解したバジュラと人間は、ともにグレースを敵として、最後の戦いにのぞむ。アルトは自我を取り戻したブレアと協力して、グレイスを撃ち抜く。
こうして戦いは終わり、フロンティアの母船は惑星に降下。
ランカとシェリルは再会する。そして、本当の空を飛ぶアルトを迎えるのだった。
OP なし
ED 「トライアングラー（flight on stage」
（終わり）
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